Depuis 2019, le Syndicat mixte effectue le suivi de la population de cormorans huppés de Méditerranée sur l’archipel des Sanguinaires. Ce suivi représente une action prioritaire inscrite au DOCOB Natura 2000 en mer Golfe d’Ajaccio.Cette action consiste à réaliser chaque année à la même période (1ère quinzaine de Mars) une inspection minutieuse des zones de nidification de ces oiseaux marins.Chaque nid est comptabilisé ainsi que le nombre d’oeuf et/ou de poussins qui s’y trouve. Les nids peuvent également être en cours de construction ou bien abandonnés.Le suivi de ces comptages permet d’observer l’évolution de cette espèce protégée.
En effet, sa relative rareté et sa vulnérabilité (dérangements sur les colonies, capture accidentelle dans les filets, destructions volontaires par le passé) ont conduit la communauté européenne à inscrire cette espèce à l’annexe 1 de la Directive 2009/147/CE sur la conservation des oiseaux. `
L’espèce est protégée dans tous les pays d’Europe et des mesures de protection des sites ont été prises.
- En Corse, près des 3⁄4 des colonies de reproduction sont installées dans des sites protégés (Réserves naturelles, Zones de Protection Spéciales de la directive oiseaux, Arrêtés Préfectoraux de Protection de Biotope, Sites classés).
- Cet oiseau niche le plus souvent sur des îles ou des îlots, en général avec un nid à terre fait de brindilles de petit bois, sous les lentisques ou d’autres plantes ou dans des falaises comme dans le golfe de Porto, pour être à l’abri des prédateurs terrestres (Renard, Chat, Belette…).
- Sur l’archipel des Sanguinaires, après un pic historique en 2002 avec 189 nids comptabilisés, les chiffres sont à la baisse. Loin d’être alarmant ces chiffres sont à prendre en compte dans leur globalité au niveau régional, par exemple la zone de reproduction du Cap Corse compte une population reproductrice stable.